Era pasca-Suharto menawarkan wajah Islam Indonesia yang amat berbeda. Selama beberapa tahun, terjadi konlik antaragama di seluruh negeri. Gerakan jihad (didukung oleh faksi militer dan kelompok- kelompok kepentingan di daerah) membawa panji-panji Islam ke konlik-konlik di daerah, mengubahnya menjadi medan perang untuk sebuah perjuangan yang tampaknya akan memecah-belah